为了适应我国环境科学和环境保护事业迅猛发展的需要，发挥我校综合大学的办学优势，培养一流的环境科学人才，内蒙古大学于2009年组建环境工程系。目前环境工程系拥有环境科学与工程一级学科硕士点，可授予本科、硕士学位，同时拥有环境工程专业学位授权点。环境工程系有一支高学历、年轻化的教学和研究队伍，现有教学科研人员18名，具有博士学位，60%以上的具有1年以上的出国留学经历。其中，教授1名，副教授10名，讲师7名。4人入选内蒙古“草原英才”工程，1人入选内蒙古自治区“321人才工程”。同时，聘请了7位国内外知名专家学者任荣誉教授、讲座教授或兼职导师。

目前，环境工程系还拥有“内蒙古环境污染控制与废物资源化重点实验室”、“内蒙古煤化工废水处理与资源化工程中心”、“环境工程专业本科教学实验实践中心”等学术与教学平台。同时，环境工程系先后与内蒙古自治区环境监测中心站、首创春华水务集团等9家企事业单位共建教学科研实习实践基地，并与美国波特兰大学签署了“2+2”联合培养合作协议。毕业生能够掌握环境工程研究、污染控制工程设计与运营、环境监测质量评价等方面的技能。可以在政府部门、设计单位、工矿企业、科研单位、学校等从事规划、设计、管理、教育和研究开发等方面的工作。

环境工程学科主要在脱硫脱硝技术、煤化工废水处理与资源化、煤基废物污染控制、草原矿区环境修复等诸多领域广泛开展科学研究工作，形成污染控制工程、废物资源化、环境生态工程等三个稳定的研究方向，具有一定的优势和特色。十二五期间，环境工程系共获批国家自然科学基金等国家级项目40余项，省部级和纵向合作项目多项。同时，环境工程学科也是内蒙古大学“211工程”三期和“中西部高校提升综合实力计划”中重点建设学科。